Credito d’imposta R&S 2015-2019: il Consiglio di Stato boccia l’applicazione retroattiva del Manuale di Frascati

Sentenza n. 5627/2026, Sezione Sesta, pubblicata il 14 luglio 2026

Con la sentenza n. 5627/2026, depositata il 14 luglio 2026, il Consiglio di Stato ha chiuso definitivamente una delle questioni più controverse degli ultimi anni in materia di credito d’imposta per attività di ricerca e sviluppo: l’applicabilità retroattiva dei criteri del Manuale di Frascati alle annualità 2015-2019. La Sezione Sesta, respingendo l’appello proposto dal Ministero delle Imprese e del Made in Italy e dall’Agenzia delle Entrate, ha confermato in via definitiva per il grado amministrativo l’illegittimità del diniego di certificazione opposto a un’impresa contribuente.

Il fatto

La vicenda trae origine da un provvedimento di diniego del MIMIT, comunicato via PEC il 10 gennaio 2025 a un’impresa che aveva fatto istanza di Certificazione del credito d’imposta Ricerca e Sviluppo ai sensi dell’art. 23 del D.L. n. 73/2022.

La società ha pertanto impugnato il diniego dinanzi al TAR del Lazio, che con la sentenza n. 15039/2025 (Sezione Quarta) ha accolto il ricorso, ritenendo illegittima l’applicazione retroattiva dei parametri più restrittivi del Manuale di Frascati a un’attività di ricerca svolta prima del 2020. Il Ministero e l’Agenzia delle Entrate hanno presentato quindi appello, articolando un unico motivo basato sulla presunta violazione degli artt. 3, commi 4 e 5, del D.L. 145/2013, 2, commi 1 e 2, del D.M. 27 maggio 2015, 23, comma 5, del D.L. 73/2022 e 3, commi 3 e 5, del D.P.C.M. 15 settembre 2023, ossia sostenendo che il richiamo al Manuale di Frascati, introdotto dalla Legge n. 160/2019, non avesse natura innovativa, ma costituisse il completamento di un quadro normativo già coerente con la disciplina unionale e, pertanto, applicabile anche ai progetti realizzati nel periodo 2015-2019.

La tesi erariale respinta

Secondo la ricostruzione proposta dalle amministrazioni appellanti, il sistema normativo avrebbe subito un’evoluzione meramente ricognitiva: dalla disciplina originaria del 2013-2015, mutuata dalle Comunicazioni della Commissione europea 2006/C 323/01 e 2014/C 198/01, fino al recepimento esplicito dei cinque criteri del Manuale di Frascati (novità, creatività, incertezza, sistematicità, trasferibilità/riproducibilità) con la legge di bilancio 2020 (art. 1, comma 200, l. 160/2019) e con le successive Linee guida MIMIT del 4 luglio 2024. Su questa base, l’amministrazione riteneva applicabili i criteri Frascati anche a ritroso, nella logica di un utilizzo “sussidiario” e interpretativo del Manuale.

Il ragionamento del Consiglio di Stato

Il Consiglio di Stato, relatore il Cons. Davide Ponte, ha disatteso integralmente questa impostazione, sviluppando il proprio ragionamento su più piani.

Principio del tempus regit actum

In assenza di una disciplina espressamente retroattiva, la spettanza del credito d’imposta ex art. 3 del D.L. 145/2013 deve essere valutata esclusivamente alla luce del quadro normativo vigente nel periodo d’imposta di riferimento. Per le annualità 2015-2019, tale perimetro era definito in modo compiuto ed esclusivo dall’art. 3 del D.L. 145/2013 e dal decreto interministeriale attuativo del 27 maggio 2015, che già individuavano positivamente le attività ammissibili (ricerca fondamentale, ricerca industriale, sviluppo sperimentale) ed escludevano le modifiche ordinarie o periodiche.

La prassi amministrativa coerente con il quadro originario

I giudici valorizzano un elemento spesso trascurato: la stessa Agenzia delle Entrate, con la circolare n. 5/E del 2016, rinviava alla circolare Mise n. 46586/2009, che indicava nel Manuale di Oslo – non in quello di Frascati – lo strumento concettuale di riferimento. Solo a partire dal 2018, con la circolare Mise n. 59990/2018 e poi con la risoluzione dell’Agenzia n. 40/E del 2019, si è affermata un’interpretazione innovativa orientata ai cinque criteri Frascati.

Natura innovativa, non interpretativa, della legge 160/2019

Il punto di diritto più rilevante della sentenza è la qualificazione dell’art. 1, comma 200, della legge 160/2019 come norma ordinariamente innovativa e non interpretativa. Ne discende, secondo un’argomentazione logica ancor prima che testuale, che se il Manuale di Frascati fosse già stato applicabile in forza di una presunta natura interpretativa “immanente”, non si spiegherebbe la necessità di un intervento legislativo espresso per introdurlo come parametro vincolante a partire dal periodo d’imposta 2020. La necessità di introdurre un espresso richiamo normativo dimostra che tali requisiti non costituivano già il parametro di valutazione delle attività svolte tra il 2015 e il 2019.

Il richiamo unionale non regge

Il Consiglio di Stato smonta anche l’argomento del Ministero fondato sulla disciplina europea in materia di aiuti di Stato: la Comunicazione della Commissione del 27 giugno 2014 richiama in realtà l’edizione 2002 del Manuale di Frascati – che adotta una nozione di R&S più ampia e flessibile rispetto alla versione 2015 – e comunque tali criteri riguardano le misure soggette alla disciplina degli aiuti di Stato, categoria cui il credito d’imposta ex art. 3 del d.l. 145/2013, in quanto misura generale e non selettiva, non appartiene. In altre parole, il Consiglio di Stato evidenzia infine la diversa finalità perseguita dal credito d’imposta vigente fino al 2019 rispetto alla disciplina successiva evidenziando come il sistema originario fosse orientato principalmente a sostenere gli investimenti delle imprese nel miglioramento di prodotti, processi e competitività aziendale. Diversa è invece l’impostazione del Manuale di Frascati, che individua come elemento qualificante della ricerca e sviluppo il contributo all’avanzamento delle conoscenze scientifiche o tecnologiche disponibili a livello generale.

Il dispositivo

Il Consiglio di Stato ha respinto integralmente l’appello dunque e condannato le amministrazioni appellanti al pagamento delle spese di giudizio in favore della società appellata.

Le implicazioni pratiche

La pronuncia ha una portata che va ben oltre il singolo caso deciso e incide su un contenzioso seriale che ha coinvolto e continua a farlo un numero significativo di imprese:

• Per le annualità 2015-2019, la qualificazione delle attività ammissibili al credito R&S deve essere valutata unicamente sulla base della disciplina vigente in quegli anni, costituita dall’art. 3 del D.L. 145/2013 e del Decreto Ministeriale attuativo del 27 maggio 2015, senza applicazione dei cinque criteri Frascati.
• I dinieghi di certificazione fondati sull’applicazione retroattiva del Manuale restano esposti ad annullamento in sede giurisdizionale, oltre che a un possibile riesame in autotutela da parte del MIMIT.
• Le Linee guida del 4 luglio 2024 dovranno verosimilmente essere aggiornate per introdurre un doppio binario temporale, distinguendo i criteri applicabili al periodo 2015-2019 da quelli vigenti dal 2020.
• Sul fronte tributario, la pronuncia – proveniente da un giudice amministrativo – non vincola formalmente le Corti di giustizia tributaria, ma si inserisce in un orientamento ormai maggioritario della giurisprudenza di merito (Vicenza, Rimini, Reggio Calabria, Latina, Bari, Roma) già favorevole alle imprese sul medesimo tema, offrendo un precedente di rango elevato spendibile sia nel contenzioso sui dinieghi di certificazione sia in quello tributario sulla contestata inesistenza del credito.

La sentenza non comporta comunque un riconoscimento automatico dei crediti dichiarati: resta fermo l’onere del contribuente di dimostrare l’effettivo svolgimento delle attività, la corretta imputazione dei costi e la natura non ordinaria degli interventi realizzati, secondo i parametri vigenti ratione temporis.